Μετά τη γονιμοποίηση, τα έμβρυα καλλιεργούνται στις κατάλληλες συνθήκες στο εργαστήριο, μέχρι να είναι έτοιμα για τη μεταφορά τους πίσω στη μήτρα της γυναίκας. Τα έμβρυα καλλιεργούνται μέσα σε ειδικούς μινι-επωαστές με τη βοήθεια ειδικών καλλιεργητικών μέσων. Πάντα βέβαια υπάρχει η πιθανότητα κάποια έμβρυα να μην αναπτυχθούν.

Η εμβρυομεταφορά γίνεται τη 2η, την 3η ή την 5η μέρα μετά τη ωοληψία. Τη 2η μέρα τα έμβρυα αποτελούνται από 4 κύτταρα, την 3η από 8 κύτταρα, ενώ έμβρυα που καλλιεργούνται ως την 5η μέρα έχουν φτάσει πια στο στάδιο της «βλαστοκύστης» (βλ. πιο κάτω). Πρέπει να τονιστεί ότι ανεξαρτήτως ημέρας εμβρυομεταφοράς, εφόσον τα έμβρυα είναι καλής ποιότητας, αναμένονται καλά ποσοστά επίτευξης εγκυμοσύνης.

Την ημέρα της μεταφοράς επιλέγονται τα καλύτερα έμβρυα, τα οποία τοποθετούνται στον πυθμένα της μήτρας με έναν ειδικό λεπτό καθετήρα. Η εμβρυομεταφορά γίνεται χωρίς νάρκωση και είναι απόλυτα ανώδυνη. Η όλη διαδικασία γίνεται με τη βοήθεια υπερήχου και μοιάζει με το απλό κοιλιακό υπερηχογράφημα ή το τεστ Παπανικολάου.

Μετά την εμβρυομεταφορά και για τις επόμενες 2-3 μέρες, η γυναίκα θα πρέπει να αποφύγει την έντονη δραστηριότητα. Το τεστ κυήσεως γίνεται 14 μέρες μετά την ωοληψία.

Ο αριθμός των εμβρύων που μεταφέρονται εξαρτάται από την ποιότητα των εμβρύων, καθώς και από την ηλικία και το ιστορικό της γυναίκας. Όταν μεταφερθούν 3 ή παραπάνω έμβρυα, υπάρχει ο κίνδυνος πολύδυμης κύησης (τρίδυμα). Στο «γέννημα» προσπαθούμε να αποφύγουμε τις πολύδυμες κυήσεις, οι οποίες είναι επικίνδυνες τόσο για την έγκυο γυναίκα όσο και για τα έμβρυα. Χάρη στην άριστη λειτουργία του εμβρυολογικού εργαστηρίου, σε γυναίκες μικρότερες των 35 ετών μεταφέρουμε 2 έμβρυα με εξαιρετικά ποσοστά επίτευξης εγκυμοσύνης (ο νόμος επιτρέπει έως 3 έμβρυα). Σε γυναίκες που έχουν συμπληρώσει το 40ο έτος της ηλικίας, μεταφέρουμε έως 3 έμβρυα (ο νόμος επιτρέπει τη μεταφορά μέχρι και 4 εμβρύων). Έτσι αποφεύγουμε δυσάρεστες θεραπευτικές επιλογές, όπως η επιλεκτική εμβρυϊκή μείωση, κατά την οποία ένα ή περισσότερα από τα έμβρυα επιλεκτικά απομακρύνονται.

Στην Ελλάδα η ισχύουσα νομοθεσία (Ν.3089/2002 και Ν.3305/2005) ορίζει πως σε γυναίκες ηλικίας μικρότερης των 40 ετών επιτρέπεται η μεταφορά έως 3 εμβρύων, ενώ σε γυναίκες μεγαλύτερες των 40 ετών επιτρέπεται η μεταφορά έως 4 εμβρύων (όσο μεγαλώνει η ηλικία, τόσο μικραίνει η πιθανότητα επίτευξης εγκυμοσύνης). Σε άλλες χώρες της Ευρώπης η νομοθεσία είναι πιο αυστηρή, π.χ. στο Ηνωμένο Βασίλειο δεν επιτρέπεται η μεταφορά πάνω από 2 εμβρύων, ενώ πλέον σε πολύ λίγες κλινικές στις σκανδιναβικές χώρες έχουν αρχίσει να μεταφέρουν μόνο ένα (1) έμβρυο. Αυτό είναι εφικτό γιατί η καλύτερη λειτουργία του εμβρυολογικού εργαστηρίου επιτρέπει την ανάπτυξη εμβρύων καλύτερης ποιότητας, δηλαδή εμβρύων με καλύτερη πιθανότητα εμφύτευσης. Ωστόσο, σε αυτές τις περιπτώσεις, οι ιατροί όσο και τα ζευγάρια έχουν αποδεχτεί ότι το ποσοστό επιτυχίας είναι μειωμένο όταν μεταφέρεται μόνο 1 έμβρυο, με αντάλλαγμα τη μείωση της πιθανότητας πολύδυμης κύησης.

Σε κάθε περίπτωση, το ζευγάρι ενημερώνεται πλήρως και συζητάει αναλυτικά με το γιατρό για τον αριθμό των εμβρύων προς μεταφορά.